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Biendata:U-RISC 神经元识别大赛复杂赛道

2020-02-17

1. 赛题分析

1.1 赛题任务

利用图像算法提取电子显微镜下的细胞边界。

1.2 数据介绍

训练数据为20张分辨率为9958x9959的电子显微镜下拍摄的图片,以及相应的标签图,如图1所示:

图1 训练样本及标签示例图(图片源于比赛)
测试数据为10张同样分辨率大小的电子显微镜下拍摄的细胞图像。

1.3 挑战及难点

  • 对于大图如何进行训练及预测
  • 细胞边界占图像很少一部分,如何解决类别极度不均衡问题

2. 解决方案

2.1 方案创新点

  • 有重叠滑动窗口固定大小裁剪,解决大图训练预测难点
  • 动态加权二元交叉熵,缓解类别极度不均衡问题
  • 引入生成对抗网络,提升标签图的生成质量

2.2 方案介绍

2.2.1 有重叠滑动窗口固定大小裁剪

1)训练:训练时对训练图片及相应的标签图进行大小为512x512,重叠度为128x128的离线滑动窗口裁剪,获得1620张512x512的训练样本。
2)测试:测试时对测试图进行相同大小和重叠度的在线滑动窗口裁剪,将滑动窗口预测概率分布加权拼接获得整张图的概率分布结果,在通道上取argmax,获得整图预测结果。

2.2.2 网络结构

网络采用UNet++,判别网络采用VGG结构。

2.2.3 动态加权二元交叉熵

统计一个批次中每个类别所占的比例,细胞边界为a,则非细胞边界为(1-a),具体计算公式如下所示:

2.2.4 训练策略

训练中采用多尺度训练,训练主要分为以下两个部分:
1)首先仅采用动态加权二元交叉熵对模型进行优化,获得初始模型
2)引入对抗损失,对初始模型进行继续优化,获得最终模型

2.2.5 预测策略

预测采用多尺度、翻转、旋转、镜像预测,采用均值处理融合预测结果,获得最终的预测图。结果示例如图2所示:

图2 预测结果示例图(样本图片源于比赛)

3. 比赛结果

使用此方案最终取得初赛17/388,决赛7/388。

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